Isabella, mười ba tuổi, cô và ba mình sống trên hòn đảo Joya dưới sự thống trị của Thống đốc Adori tàn ác. Tuy tàn độc nhưng Thống đốc Adori lại có một cô con gái lương thiện là Lupe, cũng là bạn thân của Isabella.

Cuộc sống thanh bình trên Joya đột nhiên xảy ra biến động lớn khi người bạn cùng lớp của Isabella và Lupe bị giết một cách kì bí, còn Lupe thì mất tích. Isabella buộc phải cải trang thành con trai để trà trộn vào đoàn tìm kiếm của Thống đốc. Cô bé sử dụng kĩ năng vẽ bản đồ được thừa hưởng từ ba mình để giúp cả đoàn. Cũng trong chuyến đi này, Isabella khám phá ra nhiều bí ẩn về quá khứ huy hoàng của Joya - một hòn đảo trôi nổi tự do trên biển.

Cuộc hành trình mạo hiểm nhưng đầy bất ngờ đã tặng cho cô bé những bài học quý giá, giúp cô trưởng thành và mạnh mẽ hơn.

Mực giấy và Sao trời là câu chuyện phiêu lưu đầy màu sắc kì diệu về tình cha con, tình bạn và lòng dũng cảm tiềm ẩn trong mỗi cô gái.